m6a甲基化怎么研究
m6A甲基化的研究可从基础理论、研究方法和研究方向三方面展开。基础理论m6A甲基化修饰具有可逆性、动态性和时序性,可在不改变基因序列的前提下,对基因表达进行快速、精准的调控。
MeRIP-qPCR技术是在MeRIP-seq技术的基础上,通过定量PCR技术对特定基因或区域的RNA甲基化水平进行定量检测。技术流程:RNA片段化/富集:根据研究对象(如mRNA或lncRNA)的不同,对RNA进行特异性富集和打断。抗体孵育:使用m6A特异性抗体与RNA进行孵育,抓取有甲基化修饰的RNA片段。
数据分析:将测序数据比对到参考基因组/转录组上,检测RNA甲基化位点,并进行后续的生物信息学分析。MeRIP-qPCR技术 MeRIP-qPCR技术是一种基于MeRIP-seq技术的定量检测方法,用于验证MeRIP-seq结果或检测特定基因的m6A甲基化水平。
富集方式:根据研究对象的不同,选择使用oligodT磁珠富集或去除rRNA后再打断。 结果计算:需要考虑IP到的RNA量与不IP直接保留的Input RNA量之间的差异,计算稀释倍数DF和IF,以准确评估m6A甲基化水平。
研究对象:选择具有特定功能的基因作为研究对象。技术手段:利用MeRIPseq和RNAseq技术,检测不同条件下这些基因的m6A甲基化表达差异。深入分析:进一步研究甲基化转移酶和去甲基化酶的缺失或过表达对基因表达量变化的影响,从而揭示m6A甲基化在基因表达调控中的具体作用。
RNA甲基化修饰m6A简介及研究思路
1、m6A修饰,最早在1955年发现于细菌DNA中,于1974年首次在哺乳动物mRNA中被鉴定出,迅速成为研究焦点。m6A修饰由“甲基转移酶复合物”实现,包括“写入”酶(如METTLMETTL14和WTAP)和“擦除”酶(如FTO和ALKBH5)。
2、RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)是一种用于检测RNA上m6A修饰的高通量测序技术。m6A是RNA上最丰富的一种修饰,平均每条转录本有1~3个m6A修饰。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等,去除所有rRNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量。
3、m6A,即N6-腺苷酸甲基化,是RNA内部修饰的一种重要形式。在真核生物中,m6A修饰广泛存在于mRNA、lncRNA等多种类型的RNA分子上,并发挥着关键的调控作用。m6A修饰的基本定义 m6A修饰是指RNA分子中的腺苷酸(A)在第六位氮原子(N6)上发生甲基化修饰的过程。
4、RNA m6A甲基化是一种化学修饰现象,指在甲基转移酶的催化下,RNA的甲基腺嘌呤的第6位N原子上被添加甲基基团,形成m6A修饰。此过程是可逆的,涉及编码酶、去甲基酶和阅读蛋白三类酶的共同作用。功能与影响 加速mRNA前体加工:m6A修饰能促进mRNA前体的剪接和成熟。
RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq
MeRIPseq是RNA甲基化修饰m6A的一种高效且全面的检测技术。以下是关于MeRIPseq的详细解 MeRIPseq的原理: MeRIPseq是一种基于高通量测序的m6A检测技术。 它通过抗体富集含有m6A修饰的RNA片段,随后进行测序,从而解析全基因组范围内的m6A修饰情况。
易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术是一种基于m6A特异性抗体富集和高通量测序的方法,用于定位与定量RNA分子(如mRNA、lncRNA等)上的m6A修饰,具有低起始量、高重复性、广适用性等特点,并衍生出多种技术变体以满足不同科研需求。
RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)是一种用于检测RNA上m6A修饰的高通量测序技术。m6A是RNA上最丰富的一种修饰,平均每条转录本有1~3个m6A修饰。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等,去除所有rRNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量。
RNA甲基化修饰(2)——如何检测m6A
1、检测m6A甲基化修饰的主要方法是MeRIPseq,具体步骤及要点如下:提取总RNA:从细胞或组织中提取总RNA,确保RNA的起始量、纯度符合要求,肝脏和大脑等活跃组织是首选。富集mRNA:通过OligodT磁珠富集总RNA中带有polyA的mRNA。
2、MeRIP-seq建库步骤主要分为提取总RNA、富集mRNA、m6A甲基化富集、文库构建、测序及数据分析五个阶段。提取总RNA后,通过Oligo-dT磁珠富集总RNA中带有polyA的mRNA。磁珠富集后,进行片段化,可选择加入片段化试剂或使用超声波仪。
3、MeRIP-qPCR技术是在MeRIP-seq技术的基础上,通过定量PCR技术对特定基因或区域的RNA甲基化水平进行定量检测。技术流程:RNA片段化/富集:根据研究对象(如mRNA或lncRNA)的不同,对RNA进行特异性富集和打断。抗体孵育:使用m6A特异性抗体与RNA进行孵育,抓取有甲基化修饰的RNA片段。
4、综上所述,MeRIP-seq技术和MeRIP-qPCR技术是检测RNA m6A甲基化的主要方法。MeRIP-seq技术具有高通量、精确性高的优点,适用于全转录组范围内的RNA甲基化检测;而MeRIP-qPCR技术则具有操作简便、定量准确的优点,适用于特定基因的m6A甲基化水平检测。
5、RNA m6A甲基化修饰和特定基因m6A位点的检测方法主要包括以下几种: 高通量测序技术 MeRIPseq/m6Aseq:通过抗体富集m6A修饰的RNA,进而进行高通量测序,能够全面检测转录组中的m6A修饰情况。 m6Aseq2:作为MeRIPseq/m6Aseq的升级版,通过合并样本处理提高了检测效率和准确性。
6、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验是一种用于研究RNA中m6A甲基化修饰的高通量测序技术。以下是该实验的详细流程:Total RNA样品检测 在进行MeRIP-seq实验前,需要对Total RNA样品进行严格的检测,以确保其质量和数量满足实验要求。
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